Как известно, самыми древними епархиями Православной Церкви Белоруссии были Полоцкая и Туровская. Первые христианские общины на территории Белоруссии входили в состав этих епархий.
Могилевские православные общины первоначально были частью Полоцкой епархии и управлялись полоцкими епископами. Положение православных в то время было относительно спокойным.
В 1596 году на Брестском соборе была провозглашена уния, которая насильственно насаждалась в Белоруссии более двух столетий. В результате были захвачены униатами Туровская, Полоцкая и Брестская епархии. В связи с этим православная Могилевщина отделилась от Полоцкой епархии и практически стала центром православия в Белоруссии. Для противодействия унии представители разных сословий стали объединяться в православные братства, создавать школы, типографии.
Православные отстаивали свои права, писали жалобы в сейм польскому королю. В 1632 году Варшавский избирательный сейм согласился на требование православных, руководимых Петром Могилой, тогда еще архимандритом Печерским, впоследствии митрополитом Киевским, чтобы в Полоцкой епархии, кроме униатского епископа, был назначен и епископ православный с пребыванием в Могилеве. Этим было положено начало самостоятельной Могилевской епархии. Был избран первый епископ Могилево-Мстиславской и Оршанской епархии. Им стал игумен Виленского Свято-Духова монастыря архимандрит Иосиф Бобрикович. Могилевская епархия подчинялась Киевской митрополии, но с ее переходом под юрисдикцию Московской Патриархии (1685 год) могилевских епископов назначали в Москве, но по-прежнему утверждала королевская власть в Варшаве.
Разорение православных церквей на Могилевщине, да и по всей Белоруссии продолжалось во время епископства Иосифа Бобриковича и его преемников вплоть до Георгия Конисского, который был назначен на могилевскую кафедру в 1755 году. Георгий Конисский с первых дней после принятия епархии проявил себя как деятельный борец за православие. Он отстаивал права, серьезно и убедительно излагал претензии, жалобы православных в форме юридических актов. Установил тесные контакты со Святейшим Синодом и многими иерархами Русской Православной Церкви. Благодаря активной деятельности святителя Георгия в российское посольство в Варшаве стали поступать достоверные, юридически выверенные документы. Это значительно облегчило деятельность посольства по защите прав и интересов православных. Святитель Георгий много внимания уделял духовно-нравственному и богословскому образованию священнослужителей своей епархии. По его инициативе в Могилеве в 1759 году была открыта духовная семинария. В 1772 году произошел первый раздел Речи Посполитой, в результате чего в состав России вошла восточная часть белорусских земель. После этого состояние и отношение к православию в корне изменилось. Стали возрождаться православные храмы, открывались новые епархии. В связи с образованием на белорусских землях новых епархий менялись границы Могилевской епархии и ее название.
В 1795 году она была переименована в Могилевскую и Полоцкую, затем в Белорусскую и Могилевскую. В 1803 году стала Могилевской и Витебской. С 1833 года по настоящее время – Могилевской и Мстиславской.
Количество приходов в епархии зависело от территории, которую она занимала. Так, например, в 1803 году в Могилевской епархии насчитывалось 380 приходов и 13 монастырей, из них 7 мужских и 6 женских.
С основанием в 1793 году Минской епархии и восстановлением в 1833 году Полоцкой епархии Могилевская епархия охватывала территорию только Могилевской губернии.
В 1839 году в неделю Православия в г. Полоцке состоялся церковный собор, на котором было принято постановление о воссоединении униатов с Православной Церковью. У Православной Церкви в Белоруссии наступил благоприятный период.
До Первой мировой войны на территории Могилевской губернии насчитывалось более 800 храмов. В самом городе было 29 цервей, из них 17 приходских (5 зимних), 7 домовых, 5 кладбищенских.
В свое время Могилевской епархией руководили более 40 архипастырей, среди них святители Георгий (Конисский), Гавриил (Городков), Павлин (Крошечкин) и Иоасаф (Жевахов) причислены к лику святых.
Октябрьский переворот 1917 года радикально изменил положение православных. Новая власть стала насаждать богоборческую идеологию и разрушала все, что напоминало о Боге и Церкви. Государство проводило политику, направленную на ограничение деятельности всех религиозных общин с последующей их ликвидацией, повсеместно закрывались храмы и монастыри, подвергались преследованию и репрессиям духовенство и верующие. Многие из них оказались в тюрьмах и лагерях, часть была физически уничтожена. В середине 1930-х годов Могилевская православная епархия из-за жесткой антирелигиозной политики властей фактически прекратила свою деятельность, а в 1937 году была полностью упразднена. Почти все храмы были закрыты, превращены в клубы, складские помещения. Духовенство всячески преследовалось. После Великой Отечественной войны политика властей так же, как и до войны, была направлена на подавление верующих и закрытие храмов, в результате чего на 1 января 1965 года в Могилевской области остались действующими всего 23 храма (на 1946 год их было 44). В Могилеве был только один действующий храм, в Белыничском, Кличевском, Славгородском, Чаусском районах действующих православных храмов вообще не было. К 1989 году на территории Белоруссии осталась одна Минская епархия, в которую входили все православные приходы республики. Но пришло время, и по милости Божией закончились гонения на Церковь Христову. Изменение государственной политики по отношению к религии и Церкви дало возможность верующим восстанавливать разрушенные храмы и монастыри, возрождать духовную жизнь. В 1989 году были восстановлены Пинская, Полоцкая и Могилевская епархии. На возрожденную Могилевскую епархию был назначен архиепископ Максим (Кроха). Владыка прилагал много усилий для восстановления закрытых и разрушенных храмов. Его трудами был восстановлен Свято-Никольский женский монастырь, а также Трехсвятительский кафедральный собор.
В октябре 2002 года на Могилевскую кафедру назначается епископ Софроний (Ющук). При его непосредственном участии был возрожден древний Свято-Успенский Пустынский монастырь и построен новый Спасо-Преображенский собор, который стал кафедральным, также увеличилось количество приходов и храмов как в епархии, так и в самом Могилеве.
В 2004 году из Могилевской епархии была выделена и образована Бобруйско-Быховская епархия.
6 августа 2004 года состоялось подписание Соглашения между Могилевским областным исполнительным комитетом и Могилевской епархией. Как отметил присутствовавший при этом Патриарший Экзарх всея Беларуси Высокопреосвященный митрополит Минский и Слуцкий Филарет, данное событие без преувеличения можно назвать эпохальным, поскольку оно открыло новую страницу в истории взаимоотношений Церкви и государства.
Председатель Могилевского облисполкома Борис Васильевич Батура подчеркнул, что достигнутые положения сотрудничества областной исполнительной власти с епархиальным управлением призваны послужить духовно-нравственному совершенствованию общества. На областном уровне это первое соглашение подобного рода в нашем государстве.
Преосвященный епископ Могилевский и Мстиславский Софроний в своем слове отметил, что еще в июне 2003 года было подписано Соглашение между Республикой Беларусь и Белорусской Православной Церковью, предусматривавшее создание программ сотрудничества Церкви с конкретными министерствами и ведомствами. В продолжение этих добрых начинаний и был составлен и подписан договор о сотрудничестве между Могилевской епархией и администрацией Могилевской области. Этот договор дает возможность успешно решать вопросы образовательной, социальной и культурно-просветительской деятельности. Епископ Софроний высказал уверенность, что это сотрудничество будет способствовать приумножению непреходящих духовно-нравственных ценностей и укреплению единства Церкви и государства. На церемонии подписания присутствовали руководители структурных подразделений облисполкома и благочинные округов Могилевской епархии.
На сегодняшний день в Могилевской епархии насчитывается восемь благочиний. В них совершают богослужения 87 священно-служителей, зарегистрировано 80 общин и 76 храмов. Два храма открыты на территории исправительных колоний, один в воинской части. В некоторых учреждениях открыты молитвенные комнаты. Действуют два монастыря: Пустынский Свято-Успенский мужской монастырь в Мстиславском районе и Свято-Никольский женский монастырь в Могилеве.